În sfârșit, mi-am secvențiat genomul (III)

(Continuare…)

Citește articolele anterioare (articol I, articol II).

Am reușit să obțin rezultatele secvențierii genomului meu după mai mult de opt săptămâni, cât era termenul declarat de laborator. După o conversație cu cei de la Dante Labs am aflat că au fost probleme cu furnizarea reactivilor în Italia din cauza pandemiei Covid 19 (valul 2 și 3). În timp ce m-am apucat să scriu aceste rânduri am observat că a fost vorba mai mult de atât, Dante Labs trecând printr-o etapă de rebrend-uire (extinderea paletei de servicii) și după ultimele date de pe website-ul lor oficial asta s-ar datora fuzionării sau achiziționării sale de către o firmă din SUA. În fine… pentru răbdarea și empatia de care am dat dovadă, în ceea ce privește eforturile lor, mi-au oferit gratuit un raport de interpretare a rezultatelor, la alegere, din suita de rapoarte suplimentare disponibile.

După ce genomul îți este secvențiat la Dante Labs, ți se pune la dispoziție o serie de rapoarte de interpretare a rezultatelor (nu toata lumea e genetician și știe unde să caute informații despre variantele genetice pe care le poartă). Patru rapoarte sunt oferite gratuit ca parte a kit-ului de secvențiere: Health Report, Scientific Fitness Report, Pharmacogenetics Report și Nutrigenomics & Lifestyle Report, iar alte 52 orientate pe anumite boli/organe sunt contra cost, respectiv 49 euro/buc. sau 499 euro toate. Aceste rapoarte reflectă cunoștințele actuale despre anumite gene/variante genice (alele) și pot suferi în viitor modificări sau îmbunătățiri, în funcție de noi descoperiri sau studii efectuate în domeniu.

Pe lângă rapoartele menționate mai sus am primit secvența genomică sub următoarea formă (aproximativ 90 Gb de date):

• două fișiere fastq (R1 și R2) = rawdata cu toate secvențele ADN și adresele lor de concatenare;
• un fișier BAM – cu genomul asamblat pe baza fișierelor fastq;
• o hartă a SNP-urilor (adică a polimorfismelor de o singură nucleotidă / uninucleotidic);
• o hartă a mutațiilor indel (adică a inserțiilor și delețiilor);
• o hartă a CNV-urilor (adică a variațiilor numărului de copii).

Ultimele trei sunt fișiere mici de tip vcn și sunt rezultatul comparării genomului meu cu genomul standard (GRCh37 reference genome) pentru identificarea diferențelor.

După mai multe aplicații încercate am descoperit că pentru a vizualiza genomul, pentru a vedea și celelalte hărți amintite mai sus, pentru a realiza comparații cu genomuri standard, sau pentru a căuta secvențe de interes, cel mai bun instrument este Integrative Genomics Viewer (IGV) care poate fi descărcat gratuit. Mi-a luat puțin să înțeleg principiile după care funcționează, dar în final a meritat, spre deosebire de NCBI Genome WorkBench (și el tot gratuit) care pare mai complex și care continuă să îmi dea bătăi de cap pentru că nu pot trece de etapa de indexare a unor fișiere dintre cele de mai sus.

Pe scurt iată câteva concluzii pe care le-am tras după o săptămână de la obținerea rezultatelor:

• Beneficiile cunoașterii informațiilor care fac din tine ceea ce ești sunt colosal mai mari decât orice disconfort creat de vreo perioadă mai lungă, necesară pentru a le obține…
• Analiza propriului meu genom m-a ajutat să-mi demontez câteva preconcepții despre mine, cum ar fi, spre exemplu, că am mutații care mă predispun la optimism, deși uneori aveam impresia că sunt mai degrabă pesimist.
• Analiza propriului genom m-a ajutat să-mi revizuiesc o parte din cunoștințele pe care le aveam despre markerii STR (adică repetiții scurte în tandem / microsateliții)
• De exemplu, pentru a testa că ceea ce mi s-a oferit (secvența genomului) e chiar secvența mea ți nu vrun construct artificial (țeapă), mi-am căutat în genom markerii pe care îi analizasem în trecut cu alte tehnologii… Știam din teorie că markerii STR sunt unici în genom, însă ceea ce nu știam e că această unicitate este dată de secvențele care flanchează aceste repetiții (zona de legare a primer-ilor) și nu de unitatea repetitivă, respectiv de secvența repetitivă în sine, care poate fi găsită în copii multiple în tot genomul.
• Multe din micile mele probleme medicale erau rezultatul unor predispoziții moștenite ereditar, pe care de-a lungul timpului le-am observat ca exprimări fenotipice la părinții sau rudele mele apropiate.
• Primul beneficiu pe care l-am avut după obținerea rezultatelor a fost sa încep să slăbesc folosind o dieta low-carb, care se pare că oferă un randament crescut pentru constelația mea genică, lucru pus în practică a cu succes. În trei săptămâni am dat jos 5-6 kg fără să mă chinui prea tare… Se pare că eu am/aveam o problemă cu carbohidrații, în general și nu doar cu anumite glucide. Ce făceam greșit în trecut – renunțam la zahar și dulciuri, dar o ardeam grav cu făinoase, cartofi, orez și alte alimente pline de zaharide… Rezultatele erau slabe sau inexistente pe termen lung.
• Am aflat lucruri pe care nu le știam și mi-am confirmat lucruri pe care doar le bănuia. De exemplu, nu știam că aș putea să fac alergie la pește și fructe de mare. N-am avut până acum vreuna pentru că eu consum ocazional acest tip de carne. Sau, că am mutații care mă predispun la a mă putea trezi ușor dimineața. Lucru adevărat, eu fiind genul de persoană activă matinal.
• Dacă ai o predispoziție la ceva (o boală) asta nu înseamnă neapărat că vei face acel ceva (boala) pentru că fiecare dintre noi suntem suma interacțiunilor genomului nostru cu mediul înconjurător. Din nefericire sau nu (depinde cum privești lucrurile) multe dintre predispozițiile mele s-au manifestat fenotipic. Dar, acum știu la ce să fiu atent și de ce să mă feresc dacă vreau să trăiesc o viață sănătoasă.

În fine, sunt atât de multe de spus despre ce poți afla despre tine studiindu-ți genomul încât mă gândesc serios să scriu o carte despre această experiență.

(Sfârșit)

* Numele producătorilor comerciali sunt furnizate numai în scopuri de identificare, iar includerea lor nu implică vreo afiliere comercială de promovare a producătorilor, a produselor sau a serviciilor acestora de către autor sau de către revista/locul în care acest articol este publicat.